DNA甲基化(DNA Methylation)是指在甲基转移酶的催化下,S-腺苷甲硫氨酸(SAM)上的甲基添加到DNA分子的碱基上的历程。胞嘧啶第5位碳原子和甲基的共价团结是常见的甲基化形式,胞嘧啶被修饰为5甲基胞嘧啶(5mC)。 现在,全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)主要是通过重亚硫酸盐(Bisulfite)将基因组中未爆发甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,然后团结Illumina高通量测序平台,对全基因组规模内胞嘧啶的甲基化水平举行测定,准确剖析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建全基因组甲基化图谱,进而探讨胞嘧啶的甲基化在人类疾病、细胞生长发育历程中的主要机制。
1.建库质量高,失败率低,富有种种类型样本文库构建履历。
2.质控历程全程可溯,实时跟踪,反响实时,确保数据真实可靠。
3.基础剖析富厚,展示形式可个性化定制。
4.个性剖析效劳:专业的生物信息剖析团队,熟悉种种剖析算法和软件;凭证客户的需求,提供多种个性化的实现计划。
WGBS普遍用于种种物种,要谴责基因组扫描(不错过要害位点)
全基因组甲基化图谱课题
标记物筛选课题
小规模研究课题
应用规模广:适用于人和大大都动植物研究(参考基因组已知)
全基因组笼罩:较大限度地获取完整的全基因组甲基化信息,准确绘制甲基化图谱
单碱基区分率:可准确剖析每一个C碱基的甲基化状态
DNA、血液、血浆/血清、唾液、组织、细胞、FFPE
样本类型 | 送样要求 |
---|---|
冰冻新鲜组织 | 新鲜组织≥5mg,连忙在液氮中冷冻半小时。-80°C生涯,干冰运输。 |
FFPE组织 | 3~5张FFPE切片,4~5um,0.6mm3。请提供H&E染片。FFPE切片常温运输。 |
细胞 | 细胞量≥5×105 ,网络好的细胞离心后,PBS缓冲液洗两遍,连忙在液氮中冷冻半小时。-80°C生涯,干冰运输。 |
血液 | 总量≥0.5ml,抗凝管:柠檬酸钠管或EDTA管,不建议肝素抗凝管。-80°C生涯,干冰运输。 |
血浆/血清 | 血浆/血清总量≥2.5ml,抗凝管:柠檬酸钠管或EDTA管,不建议肝素抗凝管。-80°C生涯,干冰运输。 血液总量≥7.5ml,抗凝管:柠檬酸钠管或EDTA管,不建议肝素抗凝管。-80°C生涯,干冰运输。 |
唾液 | 1-2ml |
gDNA | DNA溶于TE buffer,总量≥300ng,浓度20-100ng/ul,体积≥10μL。 |
Whole-Genome Bisulfite Sequencing of Two Distinct Interconvertible DNA Methylomes of Mouse Embryonic Stem Cells. 两种状态的小鼠胚胎干细胞的甲基化组学研究
小鼠胚胎干细胞一样平常生长在含有血清的基质中,被称作血清干细胞(serum ESCs);加两种激酶抑制因子使胚胎干细胞在无血清的情形下更能坚持多能性的基态,这种干细胞称为2i干细胞(2i ESCs);这两种状态的胚胎干细胞可以相互转化。以前这方面的甲基化研究大多基于质谱,笼罩度和研究效果有限,尚缺乏2i胚胎干细胞的甲基化组学研究。
使用全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS),对这两种可相互转换的小鼠胚胎干细胞举行甲基化组学研究
周全的准确的检测了两种小鼠胚胎干细胞的DNA甲基化修饰并举行了系统的较量;同serum ESCs相比,雄性2iESCs全局低甲基化;在血清中,雌性ESCs跟雄性2i ESCs类似泛起全局低甲基化,而在2i ESCs状态下,甲基化水平会进一步降低。