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产品先容

细小RNA测序(miRNA-Seq)是一种用于研究细小RNA(miRNA)表达的高通量测序手艺 。miRNA是一类短小的非编码RNA分子 ,在基因调控、细胞生命周期、发育和疾病等多个生物学历程中施展主要作用 。

本公司优势

1)高质量的数据天生

2)完整的笼罩规模

3)多维度的数据剖析

4)专业的数据解读

5)报告以及定制化的效劳

剖析流程

1)数据预处置惩罚:对原始测序数据举行质量控制和过滤 ,去除低质量的读段、讨论序列和重复序列等 。同时 ,还可以对数据举行去除rRNA序列的操作 ,以镌汰滋扰 。

2)序列比对:将预处置惩罚后的测序数据与miRNA数据库(如miRBase)举行比对 ,使用比对工具(如Bowtie、BWA、STAR等)举行序列比对 。这一办法将确定每个读段的泉源位置 ,并将其映射到miRNA上 。

3)表达量盘算:凭证比对效果 ,统计每个miRNA的读段数或笼罩度 ,来预计其表达量 。常用的要领包括RPKM(Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)或FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments) 。

4)差别表达剖析:通过较量差别样品之间的miRNA表达量 ,可以判断差别表达的miRNA 。常用的差别表达剖析要领包括DESeq、edgeR等 。这些要领可以凭证统计学模子 ,识别差别表达miRNA并盘算其显著性 。

5)功效注释和富集剖析:对差别表达的miRNA举行功效注释 ,即将其映射到已知miRNA的功效注释数据库中 ,如miRBase、TargetScan等 。别的 ,还可以举行富集剖析 ,寻找差别表达miRNA在特定生物历程、通路或功效上的富集情形 。

6)效果验证:通过实验验证差别表达miRNA的生物学功效和调控机制 ,例如 ,通过定量PCR、Northern blot等要领验证测序效果的准确性和可靠性 。

应用偏向

1)miRNA表达调控研究: miRNA-Seq可以用于剖析差别细胞类型、发育阶段、心理状态或疾病状态下miRNA的表达转变 ,资助相识miRNA在基因调控中的作用 。

2)miRNA与疾病关联研究: 通过较量疾病患者和正常比照组的miRNA表达数据 ,可以判断与疾病相关的miRNA ,从而深入相识miRNA在疾病爆发气制中的作用 。

3)miRNA与细胞周期、凋亡和分解研究: miRNA-Seq可以资助相识miRNA在细胞周期、凋亡和分解等生物学历程中的功效 。

4)miRNA与癌症研究: miRNA在多种癌症中表达异常 ,miRNA-Seq可以展现癌症中miRNA的表达转变 ,从而相识miRNA在癌症生长中的作用 。

5)miRNA与药物治疗研究: 相识miRNA在疾病中的作用有助于研发针对miRNA的治疗战略 ,如使用miRNA作为治疗靶点或调控剂 。

6)miRNA调控网络剖析: 通过miRNA-Seq数据 ,可以构建miRNA与靶基因之间的调控网络 ,深入相识miRNA的调控机制和作用 。

7)miRNA与免疫系统研究: miRNA在调理免疫应答、炎症和免疫细胞分解中施展主要作用 ,miRNA-Seq有助于研究miRNA在免疫系统中的功效 。

8)miRNA作为生物标记物的应用: 一些miRNA在特定疾病状态下表达显着转变 ,可以作为潜在的生物标记物 ,用于疾病的诊断和监测 。

应用案例

A fecal miRNA signature by small RNA sequencing accurately distinguishes colorectal cancers: results from a multicentric study(Gastroenterology ,2023 ,IF=33.883)

通过小RNA测序的粪便miRNA标记准确区分结直肠癌:来自多中心研究的效果

现在用于结直肠癌(CRC)筛查的粪便检测在检测早期肿瘤或癌前病变方面的准确性有限 。在这方面 ,作者周全评估了粪便microRNA (miRNA)谱作为非侵入性结直肠癌诊断的生物标记物 。在多个生物标本中共举行了1273次小RNA测序实验 。在一项横断面研究中 ,对来自意大利和捷克行列的粪便样本(155例结直肠癌 ,87例腺瘤 ,96例其他肠道疾病 ,141例结肠镜阴性比照)的miRNA谱举行了研究 。25个miRNA在CRC患者的粪便中显示改变的水平 ,包括miR-149-3p、miR-607-5p、miR-1246、miR4488和miR-6777-5p在内的五种miRNA特征将患者与比照组区脱离来 ,并在自力行列中获得验证 。该特征将比照组从低/高分期肿瘤和晚期腺瘤中区分出来(AUC=0.82, 95% CI=0.71-0.97) 。组织miRNA谱反应了粪便样本的miRNA谱 ,而差别胃肠道疾病的粪便谱突出了CRC中特异性失调的miRNA 。FIT剩余样品中的miRNA谱与生涯缓冲液中网络的粪便的miRNA谱具有优异的相关性 ,并且在腺瘤或CRC患者中可以检测到它们的改变 。

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