环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,也是RNA领域最新的研究热门。与古板的线性RNA(linear RNA,含5’和3’最后)差别,circRNA分子呈关闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳固,不易降解。近几年的研究批注,circRNA在生物的生长发育、对外界情形的抵御等方面具有主要的调控作用。CircRNA功效众多,可作为miRNA的海绵,竞争性团结miRNA,施展ceRNA的调控功效,调控基因表达。近年来还发明与疾病的爆发和生长亲近相关,在疾病诊断标记物等偏向具有很大的应用远景。
多种标准化和个性化剖析
标准数据剖析:与参考基因组比照、circRNA泉源基因剖析、展望circRNA、circRNA表达水中剖析
高级数据剖析:circRNA-miRNA互作剖析、互作网络图绘制、ceRNA剖析、WGCNA剖析
对CircRNA在基因组上的漫衍作统计剖析,并用circos图泛起出各个样品CircRNA表达量。circos图清晰展示出差别样品某位点环状RNA剪接稳点的数目及junction reads笼罩深度。
生物体内,在特定条件下某些基因对应的转录本会形成环状RNA,失去编码功效,从而影响生物学表型。因此,针对circRNA的泉源基因划分举行GO和KEGG注释及富集剖析,有助于深入挖掘circRNA功效。
对环状RNA成环的剪接位点举行展望,候选CircRNA的剪接位点两侧保存GU/AG。相同染色体上泉源基因起止位点相同即为统一CircRNA。多个样品取并集获得的所有CircRNA用于后续剖析。并且将CircAtlas数据库作为ircBase数据库的增补,使常见物种的已知circRNA判断的效果越发完善,越发富厚。
聚类剖析用于判断差别基因在差别实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的基因群集成类,从而识别未知基因的功效或已知基因的未知功效,同类基因可能具有相似的功效或配合加入统一代谢历程。对筛选出的差别表达CircRNA做条理聚类剖析,将具有相同或相似表达行为的CircRNA举行聚类。